工业洁净室主要根据室内洁净度、气流形式、控制对象、室内净高和结构特点分类。按室内洁净度分类主要分为1级、10级、100级、10000级、10000级。按气流形式分类分为单向流、矢流式和乱流式。按控制对象分类分为工业洁净室和生物洁净室。前者以空气中的悬浮尘埃为控制对象，后者以悬浮生物粒子(微生物)为控制对象。按室内高度分类，分为低层洁净室和高层洁净室。前者室内净高低于3m，后者超过3m。
乱流型洁净室
室内空气状态一般与设有空调设备的室内空气一样由顶部送风，经设置在室内适当位置的回风口排风。这种送风方式是以稀释方法达到净化目的，即室内含尘空气被洁净空气稀释后，降低了粉尘浓度。乱流洁净室只要管理得当，就能达到10000级的洁净度。单向流洁净室
主要特点是，气流速度低、流线平行、分布均匀、不扰乱室内空气，因而地面、工作面无粒子飞扬，不易形成局部死角，悬浮状态粒子沿着一定流线随气流排出室外，可以达到较高的洁净等级，是理想的一种气流组织形式。单向流洁净室按气流流向又可分为垂直单向流洁净室和水平单向流洁净室。
垂直单向流洁净室

以高效过滤器作为送风口布满顶棚，地板全部作成回风口，使气流自上而下地流动。在这种洁净室中，各种工艺操作或尘源被彼此平行的气流完全隔开，避免了横向交叉污染。垂直单向流洁净室的顶棚高效空气过滤器的满布率不应低于60%，换气次数400～500次/h，可达到100级或比100级更高的洁净度。